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佐瀬班

佐瀬班・論文発表

ヒストン修飾の分布を決める2つの機構を発見

*Oya, S., Takahashi, M., Takashima, K., *Kakutani, T., and *Inagaki, S.

Transcription-coupled and epigenome-encoded mechanisms direct H3K4 methylation.

Nature Commun., 13, 4521 (2022) Linkプレスリリース

ヒストン修飾の1つであるヒストンH3タンパク質の4番目のリジンのメチル化(H3K4メチル化)は、進化的保存性が高く、ゲノムの中でも特に発現レベルの高い遺伝子領域に分布してします。H3K4メチル化が遺伝子の発現を促進しているのか、あるいは遺伝子発現の結果導入されるものなのかといった点や、H3K4メチル化が特定のゲノム領域に導入される仕組みについては、いくつもの仮説が提案され、議論が続いていました。今回の研究では複数あるH3K4メチル化酵素それぞれのゲノム中の分布を実験的に決定し、局在パターンを機械学習によりモデル化する手法から、遺伝子の転写装置と共働するタイプのメチル化酵素と、特定のクロマチン修飾やDNA配列を標的にするタイプのメチル化酵素の2つが分業してH3K4メチル化を制御していることを見出しました。またこの2つの制御モードはシロイヌナズナとマウスという進化的に遠く離れた生物種間で保存されていることも見出しました。


*Miryeganeh, M., Marlétaz, F., Gavriouchkina., D, and *Saze, H.

De novo genome assembly and in natura epigenomics reveal salinity-induced DNA methylation in the mangrove tree Bruguiera gymnorhiza.

New Phytol., 233, 2094-2110 (2022) Link, プレスリリース


*Inagaki, S.

The complex world of genetic systems for elaborate gene regulation that enables flexible plant life.

Genes Genet. Syst., 96, 207 (2021) Link


*Inagaki, S.

Silencing and anti-silencing mechanisms that shape the epigenome in plants.

Genes Genet. Syst., 96, 217 (2021) Link


*Yamaguchi, N., Matsubara, S., Yoshimizu, K., Seki, M., Hamada, K., Kamitani, M., Kurita, Y., Nomura, Y., Nagashima, K., Inagaki, S., Suzuki, T., Gan, E.S., To, T., Kakutani, T., Nagano, A.J., Satake, A., and *Ito, T.

H3K27me3 demethylases alter HSP22 and HSP17.6C expression in response to recurring heat in Arabidopsis.

Nature Commun., 12, 3480 (2021) Link


Takahashi, N., Inagaki, S., Nishimura, K., Sakakibara, H., Antoniadi, I., Krady, M., Ljung, K., and *Umeda, M.

Alterations in hormonal signals spatially coordinate distinct responses to DNA double-strand breaks in Arabidopsis roots.

Sci. Adv., 7, eabg0993 (2021) Link


アンチセンス転写によって駆動されるエピゲノム制御機構の発見

*Inagaki, S., Takahashi, M., Takashima, K., Oya, S., and Kakutani, T.

Chromatin-based mechanisms to coordinate convergent overlapping transcription.

Nature Plants, 7, 295-302 (2021) Link, プレスリリース

生物のゲノム上ではタンパク質をコードする遺伝子のみならず、非コード転写も頻繁に起きており、ゲノム上では入り組んだ転写が起きていることが分かってきていますが、この入り組んだ転写を調節する仕組みはほとんど理解されていません。今回の研究では、ゲノムが小さく、遺伝子が密に並んでいるシロイヌナズナにおいて、数百もの遺伝子領域において逆向きにオーバーラップする転写(アンチセンス転写)が起きていること、またこのアンチセンス転写が起きている領域の転写を調節する新たなエピゲノム制御機構を見出しました。またこの制御は、植物が冬の低温を記憶し春に開花する仕組みに関与しています。これらの結果は、ゲノム上での近隣遺伝子との関係性がエピゲノムを介して遺伝子発現や環境への適応に果たす役割を示唆しています。


*#To, T.K., #Nishizawa, Y., #Inagaki, S., #Tarutani, Y., Tominaga, S., Toyoda, A., Fujiyama, A., Berger, F., and *Kakutani, T.

RNA interference-independent reprogramming of DNA methylation in Arabidopsis.

Nature Plants, 6, 1455–1467 (2020) Link, プレスリリース